Soren, een kerkuilenjong, groeit op diep in het woud van Tyto. Op het eerste gezicht lijkt alles rustig in Tyto, maar er verdwijnen eieren uit uilennesten. Wanneer Soren zelf uit het nest valt, blijkt dat het niet echt een ongeval is. Hij wordt meegenomen door vreemde uilen met gele ogen.
Soren en zijn vrienden gaan op zoek naar de Grote Boom van Ga'Hoole omdat uilen daar opgeleid worden tot echte Ga'Hoole-uilen: eerlijk, moedig, trouw en wijs. De tocht naar de Grote Boom is lang en moeilijk. En dan begint hun reis eigenlijk nog maar net.
De grote Boom van Ga'Hoole biedt al geruime tijd onderdak aan de uilen Soren, Gylfie, Twilight en Digger, als de leider van Sorens brigade, Ezylryb, spoorloos verdwijnt. Soren is erg gesteld op zijn leraar en tobt over dit mysterie. Tijdens een vliegtocht van de weerbrigade wordt hij door de schimmige snavelgeesten van zijn ouders gewaarschuwd voor Metaalkop. Wie zou dat zijn, en is er een verband met de vermissing van Ezylryb? Nieuwsgierig en ondernemend als hij is, gaat Soren met zijn vrienden op onderzoek uit.
