Een groep prehistorische holbewoners vindt een meisje dat tot een hoger ontwikkelde soort behoort. Na aanvankelijke acceptatie leidt het verschil in ontwikkeling toch tot problemen.
Tijdens een van de IJstijden ontvlucht een jong meisje haar volk; zij belandt na vele omzwervingen in een onbewoonde vallei waar zij een man van een andere stam ontmoet.
Ayla geniet een opleiding tot Zelandoni, een spiritueel leider en genezer. Ze wordt de acoliet van de Zelandoni van de Negende Grot en ze begint aan een reeks intensieve reizen die deel uitmaken van haar heilige training. Maar het dagelijks leven in de prehistorie is zwaar en Ayla worstelt om de juiste balans te vinden tussen haar spirituele roeping en haar taak als jonge moeder van Jonayla. Haar relatie met Jondalar komt onder spanning te staan.