De jacht op de mutanten is geopend en de X-Men uit de toekomst moeten nu samenwerken met de X-Men uit het verleden om de gebeurtenissen te voorkomen die geleid hebben tot een allesvernietigende oorlog.
Raven en professor X leiden een team op van jonge X-men die moeten verhinderen dat de machtige mutant Apocalypse de mensheid vernietigt en een nieuwe wereldorde vestigt.