Ondanks zijn geheugenverlies probeert Jason Bourne, op zijn huid gezeten door een Russische vijand, een geheim genootschap dat streeft naar wereldheerschappij onschadelijk te maken.
Bourne bevrijdt zijn vriend uit handen van terroristen maar beseft dat hij daarmee de vijand een uitstekende positie binnen de Amerikaanse veiligheidsdienst geeft.
Een Amerikaanse geheim agent komt een door moslims geplande terroristische aanval op het Empire State Building op het spoor en ontdekt gaandeweg dat de daders nog veel meer van plan zijn.
Jason Bourne heeft nog maar een doel: wraak nemen voor de moord op Rebeka en daarvoor moet hij via Israe͏̈l en China naar Mexico en uiteindelijk weer terug naar China.
Wanneer Jason Bourne in Zweden een man die aan geheugenverlies lijdt, redt uit het ijskoude water, beseft hij dat deze een huurmoordenaar voor een conglomeraat van terroristen is.
Special agent Jack McClure en Alli Carson, FBI-agente in opleiding en dochter van de overleden Amerikaanse president, onderzoeken de moord op Alli's vriend.
