Ondanks zijn geheugenverlies probeert Jason Bourne, op zijn huid gezeten door een Russische vijand, een geheim genootschap dat streeft naar wereldheerschappij onschadelijk te maken.
Een Amerikaanse geheim agent probeert te verhinderen dat de Russische president een geavanceerd biologisch wapen inzet om diverse ex-Sovjet-republieken opnieuw in te lijven en zo weer een serieuze bedreiging voor Amerika te worden.
Bourne's achtervolging van de moordenaar Lennon, die geheimen heeft over zijn veleden, plaatst hem uiteindelijk tegenover een organisatie die de kracht van hackers en desinformatie wil inzetten om politieke en sociale resultaten te boeken.
Een Amerikaanse bankier wordt tijdens een bezoek aan Zwitserland doelwit van een huurmoordenaar. De aanslag mislukt, maar hiermee begint een race tegen de klok, want het blijft niet bij deze ene poging.
Jason Bourne, die aan amnesie en rouwreactie lijdt, wordt verdacht van een aantal moorden en om zijn naam te zuiveren moet hij een geheime anarchistische groep ontmaskeren.
Een microbioloog en lid van het geheime Covert-Oneteam krijgt opdracht in Uganda uit te zoeken hoe een heel team Special Forces gedood heeft kunnen worden.
Het Covert-One team is er niet zeker van of een eco-beweging aanslagen op hoogtechnologische laboratoria heeft gepleegd met duizenden doden, zoals deze beweert.
Bourne bevrijdt zijn vriend uit handen van terroristen maar beseft dat hij daarmee de vijand een uitstekende positie binnen de Amerikaanse veiligheidsdienst geeft.
Wanneer een meesterspion en diens vrouwelijke partner een door Afrikaanse rebellen gegijzelde arts proberen te redden, raken zij verwikkeld in de strijd om Afrikaanse oliebelangen.
Een gewezen agent van een ultrageheime organisatie wordt door de CIA benaderd om een mogelijke samenzwering tot het verkrijgen van de wereldheerschappij te onderzoeken.
Een Amerikaanse militair, lid van een uiterst geheime organisatie, krijgt het dringende verzoek van een Russische collega om hem binnen tien dagen in Venetie͏̈ te ontmoeten.
Een Amerikaanse geheim agent komt een door moslims geplande terroristische aanval op het Empire State Building op het spoor en ontdekt gaandeweg dat de daders nog veel meer van plan zijn.