Plotseling zijn 140 miljoen mensen van de aardbodem verdwenen. De reden voor dit plotse vertrek is onbekend, en ook weet niemand of de Vertrokkenen ooit weer terug zullen komen. The Leftovers volgt de mensen die achterbleven en laat zien hoe die gebeurtenis van 14 oktober hun leven veranderde. In dit seizoen komen de gezinnen van Garvey en Murphy samen in hun wanhopige zoektocht naar een verklaring voor het onverklaarbare. Wat wel duidelijk is, is dat er iets groots staat te gebeuren, als een soort afsluiting van het Plotse Vertrek dat jaren eerder hun wereld drastisch veranderde.
In 1892 krijgt een legerkapitein opdracht om een stervende indianenleider terug te brengen naar zijn geboortegrond. Het wordt een zware tocht door een onherbergzaam gebied waar de Comanche-indianen een groot gevaar vormen.