Diep in de zee leeft Ponyo, een visje met een mensengezicht. Wanneer ze ontsnapt uit de greep van haar vader, de watertovenaar, leert ze het jongetje Sosuke kennen, die op een klif woont aan de zee. Het is liefde en vriendschap op het eerste gezicht tussen Ponyo en Sosuke. Ponyo wil er alles aan doen om samen met hem op het land te kunnen leven.