Spock is tijdens de laatste missie van de Enterprise om het leven gekomen en zijn lichaam is op de planeet Genesis achtergelaten. Kirk besluit terug te gaan naar de planeet om het lichaam van zijn vriend op te halen.
Na jarenlang oorlogvoeren sluiten de Federatie van Planeten en het Klingonrijk vrede die bedreigd wordt wanneer een Klingon ruimtevaartschip wordt aangevallen.
De bemanning van het ruimteschip de Enterprise bestrijdt het kwaad dat de aarde bedreigt als een onbekende aliensoort drie Klingonschepen heeft vernietigd.
